创新中心实行董事会领导下的总经理负责制，设监事会、技术专家委员会，公司下设综合管理部、财务部、研发中心、公共服务中心等部门，分别负责公司的行政管理、财务管理、技术研发、公共服务、投资管理等。

中心在技术专家委员会指导下，充分发挥联盟在技术研发项目创新性和可行性上的指导作用；通过股东企业和联盟成员企业，实时关注市场需求的变化，及时调整研发方向；联合全国玻璃新材料的创新资源，组建具有良好研发基础的技术团队，保障项目的实施与推进；建立完善的市场化的体制机制，保障共性技术的扩散和首台（套）商业化。